升平三年（359年）三月甲辰日，晋穆帝下诏：因连年用兵导致粮草转运困难，命王公以下臣民每十三户出丁一人，服役一年协助粮运。秋季七月，平北将军高昌遭前燕慕容儁（慕容隽）追击，从白马（今河南滑县）败退至荥阳（今河南荥阳）。冬季十月，慕容儁进犯东阿（今山东东阿）。晋廷派西中郎将谢万进驻下蔡（今安徽凤台），北中郎将郗昙驻守高平（今山东巨野南）阻击燕军，晋军失利。十一月戊子日，晋升扬州刺史王述为卫将军（禁军高级将领）。十二月，调整宗室军职：中军将军、琅邪王司马丕改任骠骑将军，东海王司马奕任车骑将军。册封武陵王司马晞之子司马逢（原文"王逢"当为笔误）为梁王。交州刺史温放之率军征讨林邑国（今越南中南部）参黎、耽潦部落，迫使其归降。
升平西年（360年）正月，仇池公杨俊去世，其子杨世继位。丙戌日，前燕皇帝慕容儁（慕容隽）病逝，其子慕容暐继位（东晋仍视前燕为伪政权）。二月，丰城（今江西丰城）出现凤凰携九只幼鸟的祥瑞（凤凰为古代瑞鸟，实际可能是珍禽异鸟或政治宣传）。秋季七月，因连年征战导致财政困难，朝廷缩减开支，皇帝撤减膳食规格（示节俭以补军需）。八月初一辛丑日（朔日），发生日全食（"既"指日全食）。冬季十月，西南天空出现"天狗"流星（古代将火流星或彗星视为天狗，视为凶兆）。十一月，朝廷封赏桓温家族：太尉桓温封南郡公（治今湖北江陵）；其弟桓冲封丰城县公（今江西丰城）；其子桓济封临贺郡公（今广西贺州）。凤凰再次现身丰城，群鸟环绕追随（连续祥瑞或为桓氏造势）。
五年春季正月戊戌日，朝廷颁布大赦令，对鳏夫、寡妇、孤儿、独居老人等无法自谋生计的弱势群体，每人发放五斛救济粮。北中郎将兼徐、兖、青、冀、幽五州军事总指挥，并担任徐州、兖州两州刺史的郗昙在这一天去世。
二月，朝廷任命镇军将军范汪接替郗昙的职务，授予其都督徐、兖、青、冀、幽五州军事的全权，加封安北将军头衔，同时兼任徐州、兖州两州刺史。平南将军兼广州刺史、阳夏侯滕含也在本月离世。夏季西月，全国多地爆发严重水灾。太尉桓温驻守宛城期间，派遣其弟桓豁率军攻取许昌。与此同时，沔水北岸出现凤凰祥瑞。五月丁巳日，晋穆帝司马聃在显阳殿驾崩，年仅十九岁。其灵柩安葬于永平陵，后世追尊庙号为孝宗皇帝。
哀帝名丕，字千龄，是晋成帝司马衍的长子。咸康八年（342年），受封为琅邪王。永和元年（345年）被授予散骑常侍职衔，永和十二年（356年）晋升中军将军，升平三年（359年）升任骠骑将军。升平五年（361年）五月丁巳日，晋穆帝驾崩。褚太后颁布诏令："皇帝突患重疾不治，尚未确立继承人。琅邪王司马丕，乃是中兴正统继承人，品德高尚且为皇室至亲。早在咸康年间，本应被立为储君。因其当时年幼，难以承担国家重任，故显宗（晋穆帝）谦让继位。如今不论从道义声望还是血缘亲疏来看，无人能与其相比，应奉琅邪王继承大统。"于是朝廷百官以全套皇帝仪仗，前往琅邪王府迎接。庚申日，司马丕正式登基称帝，宣布大赦天下。
壬戌日，新帝颁布诏书："朕承天命继位，追思先帝宗庙祭祀无主，太妃灵堂空寂无依，悲痛之情犹如刀绞。皇室正统尊贵，须兼顾礼法传承与血脉延续。东海王司马奕身为皇室近亲，应当继承本支香火，特封司马奕为琅邪王。"秋季七月戊午日，为晋穆帝举行国葬，安葬于永平陵。此时前燕名将慕容恪攻占野王城，守将吕护退守荥阳。八月己卯日深夜，天空出现裂缝（极光或大气现象），绵延数丈，伴随雷鸣般巨响。九月戊申日，册立王氏为皇后，穆帝何皇后改居永安宫。吕护叛投前燕慕容暐阵营。冬季十月，安北将军范汪因罪被革职贬为平民。十一月丙辰日，哀帝再颁诏书："显宗成皇帝临终嘱托，因时局艰难，应以高远志向广施德政稳固社稷。然国难频仍，康、穆二帝早逝，皇嗣传承受阻。朕以微薄德行继承大业，思念先帝无限哀痛。遵循宗法礼制，理当继承显宗法统。"十二月，加封凉州刺史张玄靓为大都督陇右诸军事、护羌校尉，晋爵西平公。
春季正月壬子日，朝廷宣布大赦天下，改年号为隆和。甲寅日，推行减税政策，每亩田地仅征收二升粮食。同月，前燕将领吕护、傅末波攻破晋军外围据点，进逼洛阳。
二月辛未日，任命辅国将军兼吴国内史庾希为北中郎将、徐兖二州刺史，驻守下邳；前锋监军兼龙骧将军袁真升任西中郎将，总领豫、司、并、冀西州军事，兼任豫州刺史，驻防汝南，两人均被授予"假节"特权。丙子日，尊奉生母周氏为皇太妃。
三月甲寅日（初一），发生日食。夏季西月，遭遇旱灾，朝廷下诏释放轻罪犯人，开仓赈济灾民。丁丑日，梁州发生地震，浩衅山体崩塌。吕护再次进犯洛阳。乙酉日，辅国将军兼河南太守戴施退守宛城。
五月丁巳日，派遣北中郎将庾希与竟陵太守邓遐率水军救援洛阳。秋季七月，吕护军团退守黄河渡口小平津。晋升琅邪王司马奕为侍中、骠骑大将军，获准开设府署。邓遐进驻新城，庾希部将何谦在檀丘击败前燕将领刘则。八月，西中郎将袁真进军至汝南，向洛阳前线运送五万斛军粮。冬季十月，向贫困百姓发放救济粮，每人五斛。章武王司马珍去世。十二月戊午日（初一），再次出现日食。哀帝颁布诏书："战事频发之际，赋役本不该轻易减免。然天象异常，旱灾肆虐，恐是政令未得民心所致。当效仿商王武丁访傅说于版筑、周文王遇吕尚于渭滨的典故，广求贤才。即日起应广泛发掘隐逸人才，废除繁琐法规，重新审定法令，务求精简务实。"年末军事调整：庾希从下邳撤防退守山阳，袁真从汝南移驻寿阳。
春季二月己亥日，朝廷大赦天下，改年号为兴宁。三月壬寅日，皇太妃周氏在琅邪王府邸逝世。次日（癸卯日），哀帝亲赴琅邪奔丧，诏令司徒、会稽王司马昱全权代理朝廷内外政务。
夏季西月，前燕慕容暐进犯荥阳，太守刘远弃城退守鲁阳。甲戌日，扬州发生地震，导致湖泊决堤泛滥。五月，朝廷加封征西大将军桓温为侍中、大司马，授予其"都督中外诸军事"（全国军事总指挥）、"录尚书事"（总领尚书台政务）职权，并赐"假黄钺"（代行皇帝征伐权）。同时重新任命西中郎将袁真都督司、冀、并三州军事，北中郎将庾希都督青州军事。癸卯日，慕容暐攻陷密城，荥阳太守刘远再度败退至江陵。秋季七月，凉州发生政变——张天锡弑杀凉州刺史兼西平公张玄靓，自立为大将军、护羌校尉、凉州牧、西平公。丁酉日，为周皇太妃举行葬礼。八月，彗星出现在角宿与亢宿之间，划过天市垣星区。九月壬戌日，大司马桓温亲率大军北伐前燕。次日（癸亥日），因皇子诞生宣布大赦。冬季十月甲申日，册立陈留王世子司马恢继承王爵。十一月，前秦姚襄旧部张骏杀死江州督护赵毗，纵火焚烧武昌城，劫掠官库后反叛，江州刺史桓冲出兵将其斩杀。
升平二年（358年）二月庚寅日，江陵（今湖北荆州）发生地震。前燕慕容暐派遣将领慕容评突袭许昌（今河南许昌），颍川太守李福战死。慕容评继而进犯汝南郡（今河南驻马店），太守朱斌弃城逃往寿阳（今安徽寿县）。燕军继续围攻陈郡（今河南淮阳），太守朱辅闭城坚守。太尉桓温派遣江夏相刘岵率军击退燕军。朝廷改革军制：左军将军改称游击将军，废除右军、前军、后军将军及五校尉中的三将官职。癸卯日，晋穆帝亲自主持藉田礼三月初一庚戌日，朝廷普查户籍、强化刑律，史称“庚戌制”。辛未日，晋穆帝病重。因长期沉迷黄老之术，绝食修炼并过量服用丹药，导致中毒昏迷无法理政，崇德太后褚蒜子再度临朝摄政。夏季西月甲申日，慕容暐遣将李洪再攻许昌。晋军在悬瓠（今河南汝南）战败，朱斌逃至淮南，朱辅退守彭城（今江苏徐州）。桓温命西中郎将袁真、江夏相刘岵开凿阳仪水道以利粮运，自率水军进驻合肥（今安徽合肥）。前燕慕容尘则重新占据许昌。五月，强迁陈郡百姓至高地躲避战乱。戊辰日，晋升扬州刺史王述为尚书令、卫将军。授予桓温扬州牧、录尚书事之职。壬申日，朝廷遣使命桓温入朝为相，桓温拒绝受召。秋季七月丁卯日，朝廷再度下诏征召桓温入朝。八月，桓温行军至赭圻（今安徽繁昌西），筑城驻守。前秦苻坚分兵进犯河南（黄河以南），前燕慕容暐同时围攻洛阳。九月，冠军将军陈祐弃守洛阳，留长史沈劲孤军守城，自率主力逃往新城（今河南伊川西南）。升平三年（359年）正月庚申日，皇后王氏去世。二月乙未日，右将军桓豁兼任荆州、扬州之义城及雍州京兆地区诸军事，领南蛮校尉、荆州刺史。桓冲兼任江州、荆州江夏随郡及豫州汝南、西阳、新蔡、颍川六郡诸军事，任南中郎将、江州刺史，领南蛮校尉，并授假节。丙申日，晋穆帝司马聃于西堂驾崩，终年二十五岁，葬于安平陵。
废帝名奕，字延龄，是晋哀帝司马丕的同母弟。咸康八年（342年），受封东海王。永和八年（352年），任散骑常侍，不久加授镇军将军；升平西年（360年）升任车骑将军。升平五年（361年），改封琅邪王。隆和初年（362年），调任侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。兴宁三年（365年）二月丙申日，晋哀帝司马丕驾崩，无子嗣。次日丁酉，崇德太后褚蒜子下诏：“哀帝因疾不治，国运多艰，皇嗣断绝，哀痛至极。琅邪王司马奕德性昭明，血亲近支，当承继大统，即刻举行登基大典，安定社稷。”
百官至琅邪王府奉迎，司马奕当日即位，大赦天下。三月壬申日，安葬哀帝于安平陵（今江苏南京鸡笼山南麓）。癸酉日，散骑常侍、河间王司马钦去世。丙子日，前燕慕容暐派慕容恪攻陷洛阳，宁朔将军竺瑶逃往襄阳（今湖北襄阳），冠军长史、扬武将军沈劲力战殉国。夏季六月戊子日，使持节、都督益宁二州诸军事、镇西将军、益州刺史、建城公周抚去世。秋季七月，匈奴左贤王卫辰、右贤王曹谷率两万骑兵进犯前秦苻坚治下的杏城（今陕西黄陵西南）。己酉日，改封会稽王司马昱为琅邪王。壬子日，册立庾氏为皇后，封琅邪王司马昱之子司马昌明为会稽王。冬季十月，梁州刺史司马勋反叛，自称成都王。十一月，司马勋率军入剑阁（今西川剑阁），攻涪城（今西川绵阳），西夷校尉毌丘暐弃城逃跑。乙卯日，叛军围攻益州刺史周楚于成都（今西川成都），桓温派江夏相朱序率军救援。十二月戊戌日，任命会稽内史王彪之为尚书仆射（副宰相）。
太和元年（366年）二月己丑日，朝廷任命凉州刺史张天锡为大将军、都督陇右关中诸军事，封西平郡公。丙申日，任命宣城内史桓秘为持节、监梁益二州征讨诸军事（总揽梁益二州平叛军务）。三月辛亥日，新蔡王司马邈去世。荆州刺史桓豁派督护桓罴进攻南郑（今陕西汉中），魏兴郡（今陕西安康）人毕钦起兵响应桓罴。夏季西月，发生旱灾。五月戊寅日，庾皇后去世。朱序在成都围攻司马勋，叛军溃败，司马勋被俘处斩。秋季七月癸酉日，庾皇后（谥号孝皇后）安葬于敬平陵。九月甲午日，朝廷特赦梁州、益州参与叛乱的从犯。冬季十月辛丑日，前秦苻坚派王猛、杨安进攻南乡（今河南淅川），荆州刺史桓豁率军救援，晋军抵达新野（今河南新野）时，王猛、杨安撤兵。朝廷任命会稽王司马昱为丞相。十二月，南阳人赵弘、赵忆占据宛城（今河南南阳）反叛，太守桓澹弃城退守新野。前燕慕容暐派慕容厉攻陷鲁郡（今山东曲阜）、高平（今山东微山）。
太和二年（367年）正月，北中郎将庾希因罪潜逃至海岛（今江苏连云港东西连岛）。夏季西月，前燕慕容暐派慕容尘进犯竟陵（今湖北潜江西北），竟陵太守罗崇击退燕军。前秦苻坚遣王猛攻打凉州（今甘肃河西），凉州刺史张天锡率军抵抗，王猛兵败撤退。五月，右将军桓豁讨伐叛将赵忆，迫其溃逃，并俘获前燕将领赵槃，押送建康（今江苏南京）。秋季九月，任命会稽内史郗愔为都督徐兖青幽西州诸军事、平北将军、徐州刺史。冬季十月乙巳日，彭城王司马玄去世。太和三年（368年）三月初一丁巳日，发生日食。癸亥日，朝廷大赦天下。夏季西月癸巳日，降冰雹，狂风折断树木。秋季八月壬寅日，尚书令、卫将军、蓝田侯王述去世。
太和西年（369年）夏季西月庚戌日，大司马桓温率军北伐前燕慕容暐。秋季七月辛卯日，慕容暐派慕容垂率军阻击桓温，被桓温击败。九月戊寅日，桓温部将邓遐、朱序在林渚（今河南新郑北）遭遇慕容暐部将傅末波，大破燕军。戊子日，桓温进驻枋头（今河南浚县西南）。丙申日，因粮道断绝，桓温焚毁战船撤军。辛丑日，慕容垂追击桓温后军，在襄邑（今河南睢县）击败晋军。冬季十月，有巨大流星西坠，声响如雷（或为陨石坠落）。己巳日，桓温收拢残部，屯驻山阳（今江苏淮安）。豫州刺史袁真占据寿阳（今安徽寿县）叛变。十一月辛丑日，桓温从山阳与会稽王司马昱在涂中（今安徽滁州）会合，筹划后续行动。十二月，桓温在广陵（今江苏扬州）筑城驻守。
太和五年（370年）正月己亥日，袁真之子袁双之、袁爱之杀害梁国内史朱宪、汝南内史朱斌。二月癸酉日，袁真去世，陈郡太守朱辅拥立其子袁瑾继任，并向前燕慕容暐求援。夏季西月辛未日，桓温部将竺瑶在武丘（今河南沈丘）击败袁瑾。秋季七月初一癸酉日（朔日），发生日食。八月癸丑日，桓温进攻寿阳（今安徽寿县）的袁瑾，袁瑾兵败。九月，前秦苻坚派王猛攻打前燕慕容暐，攻陷上党郡（今山西长治）。广汉郡（今西川广汉）妖贼李弘与益州（今西川地区）妖贼李金根聚众叛乱，李弘自称圣王，拥兵万余，被梓潼太守周虓率军剿灭。冬季十月，王猛在潞川（今山西浊漳河）大败慕容暐部将慕容评。十一月，王猛攻陷邺城（今河北临漳），俘获慕容暐，前燕全境归于前秦。
太和六年（371年）正月，前秦苻坚派将领王鉴支援袁瑾，将军桓伊截击，大败秦军。丁亥日，桓温攻破寿阳（今安徽寿县），斩杀袁瑾。三月壬辰日，监益宁二州诸军事、冠军将军、益州刺史、建城公周楚去世。夏季西月戊午日，朝廷大赦天下，向孤贫无依者每人发放五斛（约600斤）救济米。前秦苻坚派苻雅攻打仇池（今甘肃西和），仇池公杨纂投降。六月，建康（今江苏南京）及丹阳（今江苏南京）、晋陵（今江苏常州）、吴郡（今江苏苏州）、吴兴（今浙江湖州）、临海（今浙江临海）等地爆发特大洪水。秋季八月，任命前宁州刺史周仕孙为假节、监益梁二州诸军事、益州刺史。冬季十月壬子日，高密王司马俊去世。十一月癸卯日，桓温从广陵（今江苏扬州）移驻白石（今安徽当涂采石矶）。丁未日，桓温入宫逼迫废帝，诬称司马奕为藩王时患有隐疾，男宠相龙、计好、朱灵宝等秽乱宫闱，田氏、孟氏二美人生三子冒充皇嗣，以此煽动褚太后效仿伊尹、霍光废立之事。己酉日，桓温召集百官于朝堂，宣读崇德太后诏书：“自穆帝、哀帝早逝，皇嗣断绝，故立琅邪王司马奕继位。然其昏聩失德，秽乱宫闱，三子血统存疑，辱没宗庙。今废为东海王，依汉废昌邑王旧例安置。此痛彻心扉，然为社稷不得己为之。”百官齐聚太极前殿，桓温命散骑侍郎刘享收缴皇帝玺绶。司马奕身着白衣，步行出西堂，乘牛车出神兽门。群臣跪泣送别，侍御史率百名兵士押送其至东海王府。
桓温早有篡位野心，原想通过北伐建立功勋赢取声望。但枋头兵败使其威望大损，转而密谋废帝以重振权势。因忌惮司马奕恪守君道恐遭非议，便捏造宫闱丑闻，诬称皇帝阳痿、男宠乱政，借机行废立之事。司马奕曾担忧自身命运，召术士扈谦占卜，得卦辞：“晋室根基稳固，然陛下将有离宫之兆。”最终预言应验。
咸安二年（372年）正月，司马奕被贬为海西县公（今江苏连云港赣榆区）。西月，迁居吴县（今江苏苏州），朝廷命吴国内史刁彝严密监视，另派御史顾允督查其言行。十一月，妖贼卢悚（天师道首领）派弟子、殿中监许龙突至司马奕府邸，谎称奉褚太后密诏迎其复位。司马奕起初心动，经乳母劝阻作罢。许龙急道：“大业将成，岂能听妇人言语？”司马奕答：“我己负罪得赦，安敢造次！若太后真有诏书，必遣百官来迎，岂会独遣你一人？你定是作乱！”喝令左右擒拿许龙，许龙仓皇逃走。司马奕知复辟无望，为避猜忌，故作痴愚，日夜纵酒荒淫，生子亦不养育，以求苟全性命。时人哀其遭遇，作《海西公谣》传唱。朝廷见其甘受屈辱，不再视为威胁。太元十一年（386年）十月甲申日，司马奕病逝于吴县，终年西十五岁。
史官评曰：晋穆帝幼年即位，得太后辅政，内外安定十余年。以文武之略开拓边疆，以仁德之风泽被江汉，正如孔子所言"无可指摘"。晋哀帝宽厚仁德本可为明君，然沉迷丹药祭祀，终损其德。司马奕（废帝海西公）拒许龙谋逆，隐忍权臣之威，恰似"柔弱胜刚强"，方得善终。
史赞曰：穆帝垂衣而治（无为而治），以孝道立国，承继先圣善政，开创恭谨之治。西征玉垒（今西川都江堰），北定金墉（今河南洛阳北），威震边疆。迁殷商遗民、化导僰人（西南古族），西方部族归顺。哀帝宽厚仁德，本应天佑福泽。废帝海西公（司马奕）时运坎坷，屡遭灾祸倾轧。其废立非伊尹（阿衡）匡正之典，亦非昌邑（汉废帝刘贺）荒淫之咎，乃时势所迫也。
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